Zeitpunkt des Transfers
Der Zeitpunkt, wann die Embryonen in die Gebärmutter zurücktransferiert werden, liegt zwischen zwei bis 5 Tagen.

Bei einem Transfer nach 5 Tagen spricht man von einem Blastozystentransfer. Bisher gibt es noch keine eindeutigen Studienergebnisse, inwieweit der Zeitpunkt des Transfers einen Einfluss auf die Implantationsrate hat. 

Transfer in die Gebärmutter
Die Patientin wird auf dem gynäkologischen Stuhl gelagert. Die Embryonen werden in einem dünnen Katheter aufgenommen und durch den Gebärmutterhals in die Scheide eingeführt.
Der Vorgang ist völlig schmerzfrei. Nach Einbringung der Embryonen sollte die Patientin etwa eine Stunde ruhen, was aber nicht unbedingt erforderlich ist.

Die Anzahl der Embryonen
Vor dem Embryotransfer wird ausführlich mit dem Paar besprochen, wie viele Embryonen kultiviert werden konnten und wie die Qualität beurteilt wird.
Wie viele Embryonen transferiert werden entscheidet letztendlich das Paar.
Sowohl das Embryonenschutzgesetz, als auch das Recht auf Selbstbestimmung erlaubt es der Patientin sich gegen den Transfer von 3 Embryonen aufgrund der hohen Gefährdung durch eine Drillingsschwangerschaft zu entscheiden.
In diesem Fall kann das dritte Embryo kryokonserviert und für einen späteren Transfer aufbewahrt werden.

Unterstützende Hormontherapie
Manche Patientinnen erhalten in den ersten zwei Wochen nach dem Transfer eine unterstützende Hormontherapie, bis das Ergebnis des Schwangerschaftstests vorliegt.